工程中心在学校领导下设立管委会，实行主任负责制。工程中心实行项目合同制和人员聘任制。研究开发队伍由固定人员和客座流动人员组成。固定人员由工程中心主任在校内外聘任。客座流动人员由项目负责人根据工作需要和研发项目的实际情况聘任， 经工程中心主任核准后作为流动编制，其相关费用在项目经费中支付。

工程中心机构设置如图1所示，下设办公室、研发部及产业部。其中，办公室负责人力资源、行政、财务及项目管理等日常事务管理运行；研发部下设煤层碳封存与利用研究所、深部非煤层储碳技术研究所、矿区地热资源开发研究所、矿区深部多相多场耦合仿真计算研究所、零碳负碳监测预警研究所5个研究所；产业部业务包括模型/技术集成、设备技术验证、工程应用示范、产业技术支持及信息共享与服务，将研究成果进行产品开发和系统集成并推向市场，同时培育和管理中心所属产业。各部门负责人由主任提名，依托单位审议。

工程中心实行管理委员会领导下和技术委员会指导下的主任负责制。实验室坚持和完善以团队为基本研究和管理单元，实施校企共建单位充分协调、学术委员会指导引领、实验室主任全面负责、重大事项由主任和团队长联席会议集体决策、团队长学术总负责。 管理委员会是工程中心的决策机构，负责审议重大事项，由与工程中心直接利益相关的单位代表、专家和工程中心主任组成。技术委员会是工程中心的技术咨询机构，负责工程中心重大技术问题的审议，由相关技术领域的 专家、企业家及合作企业相关专家组成。中心主任对管理委员会负责，技术委员会对中心 主任负责。

                             图1 工程研究中心机构设置图